L'isola della Certosa ha una superficie di circa 22 ettari, è situata nella Laguna nord di Venezia tra San Pietro di Castello e il Lido ed è separata dall'isola delle Vignole da un canale.

Alla fine del XII secolo il vescovo di Castello, Marco Nicola, donò l'isola (detta anche di S. Andrea del Lido) al sacerdote Domenico Franco che, nel 1199, fece costruire un monastero in nome di Sant’Andrea Apostolo, per la comunità di frati agostiniani che vi si era stabilita, e fece inoltre interrare un canale che divideva in due l'isola.

Verso il 1422 il numero dei frati agostiniani che vi abitavano si era ridotto moltissimo e i pochi rimasti furono trasferiti in altri monasteri della laguna. Dal 1424 presero il loro posto i monaci certosini, provenienti dalla Certosa di Firenze, che rinominarono l’isola “San Bruno”, in onore del loro fondatore, e solo successivamente divenne “La Certosa”. Il monastero di Sant'Andrea fu ricostruito verso il 1490 con l'architettura tipica dell'ordine, mentre la chiesa fu riedificata su disegno dell'architetto Mauro Codussi. I monaci inoltre ristrutturarono il precedente convento trasformando, quello che gli agostiniani utilizzavano come cimitero, in un chiostro con quindici cellette ognuna con il proprio pozzo e giardinetto.

Nel 1581, dopo la bonifica e il consolidamento del terreno e i lavori di costruzione delle rive, fu ultimata quella che delimitava il prato; alcuni agricoltori coltivarono i campi arricchendo l'isola di orti e vigne, mentre una parte venne lasciata a pascolo. Purtroppo, dei padri Certosini che vi abitarono fino al 1806, restano poche tracce.

Nel 1810, in seguito agli editti di Napoleone, cominciò l’inesorabile opera di demolizione delle strutture dell’isola. Infine l’esercito italiano utilizzò l’isola come stabilimento per la lavorazione degli esplosivi e come poligono di tiro fino al 1968; poi venne lasciata al degrado.

Successivamente l'area esterna alle mura perimetrali fu utilizzata come poligono di tiro dal Reggimento Lagunari "Serenissima".

Dalla metà degli anni '80, con la costituzione del "Comitato Certosa", formato da un gruppo di volontari, si è iniziato un percorso di recupero per riutilizzare l'isola come parco e dai primi anni novanta il Comune di Venezia, il Magistrato alle Acque e il Consorzio Venezia Nuova hanno avviato lavori per il suo risanamento e recupero, anche con il restauro degli edifici esistenti, in particolare il Casello delle Polveri.

La società "Vento di Venezia" gestisce la Certosa dal 2005 ed ha avviato diverse attività produttive.

Attualmente, il Demanio si sta apprestando a cedere l'isola al Comune di Venezia, che potrà così completare la realizzazione di una zona urbana facilmente accessibile, con la possibilità di passeggiare in mezzo alla natura. L’isola è raggiungibile con mezzi pubblici di linea.

Il “Venezia Certosa Marina” è l'unica darsena da diporto a Venezia con profondità tra i 3,5 ed i 6 metri che può ospitare fino a trecento ormeggi attrezzati ed imbarcazioni fino a 60 metri. Si trovano nell'isola anche una struttura ricettiva con hotel, ristorante e bar, un cantiere navale e una scuola di vela.