Il regolamento del Palio delle Repubbliche Marinare si basa sullo Statuto, deliberato il 10 dicembre 1955, suddiviso in 26 articoli.

I quattro equipaggi che partecipano alla Regata sono composti ciascuno da 8 vogatori e un timoniere, più tre riserve. Gli equipaggi, in passato, erano formati esclusivamente da atleti nati nelle rispettive città, province e regioni, oppure dovevano esservi residenti da almeno dieci anni; nel 2004 è stata apportata una piccola modifica e si è stabilito che metà degli atleti dovevano risiedere nella Regione e metà nella Provincia a cui appartiene la rispettiva Repubblica Marinara.

Le imbarcazioni, costruite tutte con gli stessi parametri strutturali, non devono avere un peso inferiore ai 760 chilogrammi. Ogni imbarcazione, ora in vetroresina, è riconoscibile dal colore, Amalfi azzurro, Genova bianco, Pisa porpora, Venezia verde e rematori e timoniere devono indossare costumi del colore della propria città.

La Regata si svolge su un percorso di due chilometri con una tolleranza massima di duecento metri in più o in meno; ad Amalfi si rema nel mar Tirreno lungo la costa, a Genova nel mar Ligure all'interno del bacino portuale, a Pisa nel fiume Arno controcorrente e a Venezia nella laguna in Bacino San Marco. La gara è preceduta dal sorteggio delle corsie e vince l'imbarcazione che taglia il traguardo con una parte prestabilita della polena, per Amalfi lo zoccolo anteriore del cavallo alato, per Genova le narici del grifone, per Pisa l'estremità degli artigli dell'aquila; per Venezia metà della spada impugnata dal leone alato. Se un'imbarcazione invade la corsia di un avversario la giuria (che prevede tra i suoi membri anche un rappresentante per ciascuna delle quattro città) le impone di retrocedere all'ultimo posto.

Alla città prima classificata viene assegnato, oltre ad uno stendardo e una medaglia d'oro di almeno10 grammi, un trofeo raffigurante un galeone a remi sorretto da quattro ippocampi; sulla base sono apposti gli stemmi delle quattro Repubbliche Marinare e di anno in anno, viene aggiunta una medaglia con il simbolo della città vincitrice della Regata; pertanto vi sono tante medaglie quante sono le edizioni disputate.

La  città  vincitrice, responsabile della perfetta conservazione del trofeo, lo farà avere l’anno successivo alla nuova  città  organizzatrice, almeno 60 giorni prima della Regata, perché possa essere consegnato nuovamente alla Repubblica che taglierà il traguardo del Palio.