L'attuale isola di San Giorgio, all'epoca dei primi dogi, intorno al 700, era chiamata Isola dei Cipressi. Contava pochi abitanti che lavoravano in una salina ed in un mulino a vento; nel 790 fu edificata una chiesetta dedicata a San Giorgio, al cui nome fu aggiunto l'appellativo “maggiore” per distinguerla da un'altra chiesa costruita su un'isoletta della laguna chiamata San Giorgio in Alga.
Nel 982 l'isola, fu rinominata Memmia, dal nome del doge Tribuno Memmo che la donò al monaco benedettino, Giovanni Morosini. Il religioso fece costruire un monastero adiacente alla piccola chiesa e ne divenne il primo abate. Il Morosini ebbe tra i suoi scolari San Gerardo Sagredo. Dopo essere stato per venticinque anni guida e modello per i suoi monaci, l’Abate Morosini morì nel 1012.
Con il passare degli anni frequenti e cospicue donazioni permisero di ampliare il monastero che divenne uno dei maggiori centri europei in campo teologico, culturale e artistico. Nella prima decade del 1100, quando era doge Ordelaffo Falier, secondo la leggenda fu traslato nella chiesa il corpo di Santo Stefano, il primo martire cristiano, così per molti secoli si festeggiò la sua ricorrenza con grandi celebrazioni nell'antistante Bacino di San Marco.
L'isola è ricordata anche come teatro di avvenimenti storici come il famoso incontro fra papa Alessandro III e il Barbarossa nel 1177 promosso dal doge Sebastiano Ziani (che morì nel 1178 e fu sepolto nel monastero, come anche il doge Pietro Ziani, nel 1230).
Nel 1433 i padri benedettini accolsero Cosimo de' Medici il vecchio in esilio da Firenze, che lasciò al monastero di San Giorgio una collezione libraria e i disegni di Michelozzo per una nuova biblioteca.
L'architetto Andrea Palladio, nella seconda metà del '500 progettò oltre alla facciata classicheggiante della chiesa, anche il chiostro ed il refettorio destinato ad ospitare la grande tela “Le Nozze di Cana” di Paolo Veronese. Nel '600 nuovi lavori commissionati all'architetto Baldassarre Longhena elevarono ulteriormente il contenuto artistico dell'isola.
Alla fine del '700 Napoleone Bonaparte, sceso in Italia, fece portare in Francia molti capolavori custoditi a San Giorgio fra cui anche il dipinto “Le nozze di Cana” oggi esposto al Louvre.
Con il passaggio di Venezia agli Austriaci sancito dal Trattato di Campoformio nel 1797 ci furono ulteriori danni per il monastero benedettino che venne chiuso nel 1807, l'isola divenne porto franco, fu costruita la darsena ancora presente oggi e spaziosi magazzini.
Dopo i moti rivoluzionari del 1848 e fino all'annessione di Venezia al Regno d'Italia, nel 1866, l'isola mantenne una funzione di presidio militare. Il lento degrado si fermò solo con l'acquisto dell'intera isola da parte del conte Vittorio Cini che fece restaurare l'antico monastero benedettino destinato ad ospitare la sede della Fondazione Giorgio Cini istituita nel 1951, in memoria del figlio Giorgio, morto in un incidente di volo nel 1949.
E' possibile visitare il complesso monumentale.
