San Francesco del Deserto è un'isola della Laguna di Venezia, con un'estensione di circa 4 ettari, situata tra Sant'Erasmo e Burano. Il ritrovamento di alcuni reperti archeologici dimostra che l'isola, il cui nome originario era “Isola delle due vigne”, fu abitata sin dall'età romana.

Intorno al 1220 vi giunse San Francesco d'Assisi di ritorno dall'Oriente e dalla Quinta Crociata, dove si era recato a predicare il Vangelo al sultano con l'intento di porre fine alla guerra. Il Santo scelse l'isola per fondarvi un ricovero dove fosse possibile pregare e meditare in pace, lontani dalla mondanità. Secondo una leggenda San Francesco, prima di andarsene dall'isola,  avrebbe piantato nel giardino il suo bastone da viaggio, che si sarebbe tramutato in un pino. Il pino, nonostante le cure dei frati, si seccò nel 1701 e dal suo tronco si ricavò una statua del Santo che fu posta nella chiesa. Il convento sorge attorno a due chiostri, uno dei quali conserva ancora intatte le lunghe file di arcate quattrocentesche. Nel 1228 il patrizio Jacopo Michiel, proprietario dell'isola, fece erigere una chiesa a nome di San Francesco, deceduto nel 1226, che risulta essere la prima chiesa dedicata al Santo. Nel marzo del 1233 Michiel donò in perpetuo l'isola ai Frati Minori Francescani del convento dei Frari di Venezia che vi edificarono un convento. Il primo chiostro risale al secolo XIII e fu demolito durante la soppressione napoleonica. Venne rifatto dopo il ritorno dei frati nella seconda metà del XIX secolo.

Nel XV secolo l'isola fu abbandonata a causa della malaria che imperversava in questa zona e assunse un aspetto solitario e decadente. Da quel momento prese il nome di San Francesco del Deserto, che tuttora conserva.

Nel 1453 papa Pio II concesse l'isola ai Frati Minori Osservanti che restaurarono la chiesa e il convento edificando il chiostro rinascimentale. Quarant'anni più tardi, papa Clemente VIII (1536-1605) vi insediò i Frati Minori Riformati che la abitarono ininterrottamente fino al 1806, anno fatale durante il quale le soppressioni napoleoniche li obbligarono a ritirarsi nel convento di San Bonaventura a Venezia. 

Il convento, composto da trentuno cellette, venne adibito a deposito di esplosivi e l'isola intera a caserma militare. La zona fu successivamente adibita a polveriera dagli Austriaci. Tuttavia nel 1856 l’imperatore Francesco I d'Austria donò l'isola al Patriarca di Venezia, il quale la concesse in perpetuo ai frati Minori Francescani che vi fecero ritorno nel 1858. A partire da quella data i lavori di restauro dell'intero complesso, portarono alla luce oltre alle absidi dell'oratorio anche le fondamenta dell'antica chiesa.

L'isola non è raggiungibile con i mezzi pubblici, ma è visitabile.
http://www.sanfrancescodeldeserto.it/