La Scuola di San Giovanni Evangelista è una corporazione di Battuti istituita nel 1261 nella chiesa di Sant’Aponal da dove si trasferì, nel 1301, in Contrada San Stin affittando alcuni locali posti al piano superiore di un ospizio per vecchie povere attiguo alla chiesa.
Dopo la donazione da parte del gran cancelliere del regno di Cipro, Philippe de Mezières, nel 1369, della reliquia della Santa Croce, la Scuola assunse ancora maggior importanza: si decise così, nel XV secolo, l’acquisto non solo degli ambienti affittati ma anche dell’ospizio.
Per la reliquia venne realizzato un prezioso reliquiario gotico, di cristallo di rocca e argento dorato.
Gentile Bellini, figlio di Jacopo, ed i suoi collaboratori dipinsero i “Miracoli della Reliquia della Croce”. Inoltre la Scuola fu arricchita della facciata laterale di stile gotico-fiorito e del septo marmoreo del cortile di entrata ad opera di Pietro Lombardo.
Nel XVI secolo venne completato l’Albergo nuovo e impreziosito il soffitto della sala con dipinti del Tiziano.
Alla fine del secolo Jacopo Palma il Giovane fu incaricato di eseguire quattro grandi “Episodi dell’Apocalisse” per rivestire le pareti della Sala dell’Albergo.
Nel XVIII secolo, grazie ad un cospicuo lascito, furono effettuati importanti lavori al piano superiore dell’edificio: a partire dal 1727 l’architetto Giorgio Massari provvide al restauro della Sala dell’Albergo e fece alzare di cinque metri il soffitto del Salone di San Giovanni (Sala capitolare); tra il 1732 ed il 1733 fu realizzata dallo scultore Giovanni Maria Morlaiter la grande statua di San Giovanni Evangelista posta sull’altare della sala capitolare; nel 1752 fu completato dal Massari il magnifico pavimento del salone in marmi colorati; nel 1761 Giuseppe Angeli dipinse la grande tela centrale del soffitto.
Dopo la caduta della Repubblica di Venezia con decreto napoleonico del 25 aprile 1806 la Scuola fu soppressa ed il patrimonio in parte demanializzato e in parte venduto. Gli ambienti furono ridotti a magazzino e deposito demaniale. I grandi dipinti dell’Oratorio raffiguranti i Miracoli della Croce, furono espropriati; affidati al demanio, sono rimasti fortunatamente a Venezia e sono oggi visitabili alle Gallerie dell’Accademia.
Subentrati gli austriaci ai francesi, fu progettato addirittura di demolire l’edifico della Scuola e si pensò anche di trasportare in Austria il pavimento del salone di San Giovanni.
Fortunatamente nel 1856 l’impresario edile friulano Gaspare Biondetti Crovato, con l’aiuto di un gruppo di cittadini veneziani che reperirono i fondi necessari, acquistò la Scuola dal Demanio austriaco. Da allora la confraternita riprese la propria attività.
Venne costituita nella Scuola una corporazione di mutuo soccorso delle arti edificatorie i cui scopi erano quelli di restaurare e mantenere il fabbricato della Scuola e di aiutare i soci in difficoltà.
Fu anche restituito alla Scuola il reliquario della Croce, (salvato dall'ultimo Guardian grande, Giovanni Andrighetti) che per decreto napoleonico avrebbe dovuto essere trasferito alla Zecca per essere fuso.
Nel 1931 la scuola venne elevata ad arciconfraternita da parte del pontefice Pio XI.
